La chiesa di San Donato in Poggio sorse tra il X-XI secolo tra le strade oggi chiamate via Montanini e via della Stufa secca, quando lo sviluppo demografico della città ed il moltiplicarsi degli agglomerati edilizi intorno ad essa avevano sollecitato l’erezione di nuove pievi con la funzione di succursale della cattedrale – e quindi non ancora di parrocchie – e come tali affidate alle cure dei canonici che ne assumevano la titolarità con la qualifica di «cardines» affiancati da «rectores» con i compiti di sacerdoti officianti. 

Così Paolo Nardi in I borghi di s. Donato e di s. Pietro a Ovile. «Populi», Contrade e Compagnie d’armi nella società senese dei secoli XI-XIII, pp. 11-2, ne descrive la fondazione riportando altresì una tradizione, che molto può rivelare sul culto del santo titolare a Siena, attestata ancora nel sec. XVIII (Ibidem, p. 12): 

[Essa] legava l’origine di questa chiesa alla diffusione del culto del santo protettore d’Arezzo e ne poneva la fondazione al sec. VIII, all’epoca della più aspra contesa tra il vescovo senese e quello aretino per il possesso delle pievi di confine tra le due diocesi.

Il ruolo economicamente attivo dei rettori di San Donato portò allo sviluppo del borgo circostante e alla costituzione, nel sec XI, di più xenodochia, tra cui quello presso la chiesa di San Vincenzo e San Niccolò (anno 1090), un altro presso il borgo di Camollia e, soprattutto, quello vicino a via Vallerozzi, in Piazza dell’Abbadia, dove si stabilirono i monaci riformatori vallombrosani.
L’antico legame con il culto aretino, la stretta correlazione con la cattedrale e la precoce presenza dei vallombrosani provenienti dall’importante abbazia di Passignano, potrebbero spiegare la peculiare struttura di I.I.7 (cfr. la descrizione del ms., § Formulario), in cui si fondono elementi del cursus monastico e secolare, e dove il Proprio dei santi rispecchia piuttosto fedelmente quello adottato dalla cattedrale senese, ma con degli Offici propri legati al culto della chiesa di S. Donato e di quelle poste sotto la sua diretta influenza.
Sono i vallombrosani insieme al canonico Pietro a fondare nel 1109 la chiesa e il monastero intitolati a San Michele presso l’odierna Piazza dell’Abbadia, che si affaccia, non a caso, su via dell’Abbadia, distante meno di 100 metri dall’omonima chiesa in Poggio. L’abbazia venne consacrata da papa Eugenio III nel 1147.

Paolo Nardi segnala (p. 20) che al finanziamento il monastero di Passignano aggiunse la donazione di suppellettili sacre e soprattutto di codici (ASF, Passign. sec. XII).

Questo legame tra i due monasteri senese e fiorentino resero il primo via via più influente (ma anche più problematico per la città, via via che i rapporti tra i due Comuni sia facevano sempre più conflittuali), tant’è che il borgo nato attorno a San Michele venne inglobato nelle mura cittadine tra il XII e l’inizio del XIII sec. (San Donato in Poggio rientrava già nella prima cinta muraria del XII sec. I m.). Il lento declino della chiesa madre si concluse nel 1816, quando venne soppressa come chiesa parrocchiale e il titolo fu trasferita a quella dell’Abbadia (abbandonata dai Vallombrosani già nel 1565, fu ceduta prima ai Cavalieri di Santo Stefano, poi ai Carmelitani nel 1682 che la tennero sino al 1813). L’edificio venne prima trasformato in deposito delle carrozze e poi, divenuto proprietà del Monte Pio, inglobato entro Palazzo Salimbeni. In corrispondenza dell’entrata è stata posta tra il XIX e il XX sec. la Fontana della ranocchia ad opera di Fulvio Corsini (Cfr. Fiorini, p. 57). Nel 1988, infine, anche la parrocchia di San Donato in San Michele Arcangelo venne soppressa e annessa a quella della collegiata di Provenzano.